I – Les principes fondamentaux

Le titre Ier de la loi, qui est intitulé « Principes fondamentaux », propose une vision complète et dynamique de la biodiversité. Il renouvèle les principes d’action devant permettre sa protection et sa restauration. Le Conseil national de la transition écologique a salué « l’initiative d’inscrire dans le Code de l’environnement une vision renouvelée de la biodiversité »5.

Afin de lutter contre les pollutions lumineuses, la loi mentionne les « paysages diurnes et nocturnes » parmi les éléments de l’environnement constitutifs du patrimoine commun de la nation (art. 1)6. Elle précise aussi que « les processus biologiques, les sols et la géodiversité concourent à la constitution de ce patrimoine » qui est défini à l’article L. 110-1 du Code de l’environnement.

Le texte propose ensuite une définition de la biodiversité, largement calquée sur celle contenue dans la Convention sur la diversité biologique de 1992, qui consiste en « la variabilité des organismes vivants de toute origine, y compris les écosystèmes terrestres, marins et autres écosystèmes aquatiques, ainsi que les complexes écologiques dont ils font partie » (art. 1).

L’article 2 de la loi, qui consacre la connaissance de la biodiversité comme une action d’intérêt général, modifie l’article L. 110-1 du Code de l’environnement pour que le principe de prévention qu’il affirme puisse notamment intégrer la possibilité de procéder à une « compensation » des atteintes à la biodiversité. L’article 2 précise effectivement le principe d’action préventive et de correction des atteintes à l’environnement par le fameux triptyque « éviter, réduire, compenser », lequel a été introduit dans le droit français avec la loi du 10 juillet 1976 et la procédure d’étude d’impact7.

Le nouvel article L. 110-1 du Code de l’environnement indique que le principe de prévention « implique d’éviter les atteintes à la biodiversité et aux services qu’elle fournit ; à défaut, d’en réduire la portée ; enfin, en dernier lieu, de compenser les atteintes qui n’ont pu être évitées ni réduites, en tenant compte des espèces, des habitats naturels et des fonctions écologiques affectées ».

Il affirme également que le principe d’action préventive « doit viser un objectif d’absence de perte nette de biodiversité, voire tendre vers un gain de biodiversité ». Cet objectif a d’ailleurs été contesté car il introduit, selon ses détracteurs, une incertitude juridique en raison de l’impossibilité de définir la notion d’absence de perte nette ou de gain de biodiversité.

On soulignera que le principe de compensation des atteintes à la biodiversité a fait l’objet de critiques8. Ses adversaires estiment qu’il revient à admettre l’existence d’un droit à détruire.

La loi « biodiversité » rend l’application du principe « éviter, réduire, compenser » obligatoire. Elle soumet les mesures compensatoires des atteintes à la biodiversité à une obligation de résultat. Tout projet qui ne pourra pas être intégralement compensé ne sera pas autorisé en l’état. La loi donne la possibilité à une personne soumise à une obligation de compensation d’y satisfaire soit directement, soit en confiant sa mise en œuvre par contrat à un opérateur de compensation, soit enfin par l’acquisition d’unités de compensation dans le cadre d’un site naturel de compensation. La notion d’opérateur de compensation est définie comme étant « une personne publique ou privée chargée, par une personne soumise à une obligation de mettre en œuvre des mesures de compensation (…), de les mettre en œuvre pour le compte de cette personne et de les coordonner à long terme » (art. 69).

De plus, le principe de solidarité écologique, qui existe déjà pour les parcs nationaux9, est introduit à l’article L. 110-1 du Code de l’environnement. Ce nouveau principe « appelle à prendre en compte, dans toute prise de décision publique ayant une incidence notable sur l’environnement des territoires concernés, les interactions des écosystèmes (…) » (art. 2).

D’autre part, un « principe de complémentarité entre l’environnement, l’agriculture, l’aquaculture et la gestion durable des forêts » est créé ; principe selon lequel « les surfaces agricoles, aquacoles et forestières sont porteuses d’une biodiversité spécifique et variée (…) » (art. 2).

Le « principe de l’utilisation durable, selon lequel la pratique des usages peut être un instrument qui contribue à la biodiversité », figure désormais lui aussi dans le Code de l’environnement (art. 2).

Il en va de même pour le principe controversé de non-régression environnementale qui figurait dans la feuille de route des états généraux pour la modernisation du droit de l’environnement et sur lequel la commission mixte paritaire avait achoppé. Il est défini comme le principe selon lequel « la protection de l’environnement (…) ne peut faire l’objet que d’une amélioration constante, compte tenu des connaissances scientifiques et techniques du moment ». Ce principe de non-recul, cher au juriste Michel Prieur, qui ne figurait pas dans le texte initial, est largement consacré en droit international10. Il est reconnu dans plusieurs pays anglo-saxons (principe de « standstill »). Il a été jugé fondamental par les députés alors qu’il avait été écarté par les sénateurs. Ces derniers ont notamment soutenu qu’il serait contraire à une vision dynamique de la biodiversité car il renvoie selon eux à une « approche fixiste de l’environnement ».

Par ailleurs, la loi « biodiversité » inscrit le préjudice écologique, qui est reconnu par la jurisprudence11, dans le Code civil. Ce faisant, le législateur vient conforter, dans le droit français, le principe du « pollueur-payeur », déjà inscrit dans l’article L. 110-1 du Code de l’environnement et évoqué de façon implicite dans l’article 4 de la Charte de l’environnement.

Le préjudice écologique réparable est celui résultant d’une « atteinte non négligeable aux éléments ou aux fonctions des écosystèmes ou aux bénéfices collectifs tirés par l’homme de l’environnement » (art. 4). Cette définition est proche de celle retenue par la cour d’appel de Paris dans son arrêt rendu le 30 mars 2010 dans l’affaire de l’Erika.

« Les dépenses exposées pour prévenir la réalisation imminente d’un dommage, pour éviter son aggravation ou pour en réduire les conséquences » constituent également un préjudice réparable.

Toute personne qui cause un préjudice écologique est tenue de le réparer. L’action en réparation est « ouverte à toute personne ayant qualité et intérêt à agir », telle que l’État, l’AFB, les collectivités territoriales, les établissements publics et les associations agréées ou créées depuis au moins cinq ans ayant pour objet la protection de la nature et la défense de l’environnement.

La réparation du préjudice s’effectuera prioritairement en nature. En cas d’impossibilité ou d’insuffisance des mesures de réparation, le juge condamne le responsable à verser des dommages et intérêts, affectés à la réparation de l’environnement, au demandeur ou, à défaut, à l’État.

Le délai de prescription de l’action en réparation du préjudice écologique a été fixé à dix ans « à compter du jour où le (demandeur) a connu ou aurait dû connaître la manifestation du préjudice ».

Enfin, le texte vient traduire les obligations nées de la Convention sur la diversité biologique et notamment celle de réaliser une stratégie nationale pour la biodiversité. Cette stratégie est élaborée par l’État en concertation avec des représentants de collectivités territoriales, d’acteurs socio-économiques et d’organisations de protection de l’environnement, ainsi qu’avec des membres de la communauté scientifique (art. 8).

Il reviendra aux régions de définir et mettre en œuvre « une stratégie régionale pour la biodiversité tenant compte des orientations de la stratégie nationale et élaborée dans les mêmes conditions de concertation ». L’AFB apportera, à travers ses délégations territoriales, son soutien aux régions pour l’élaboration de leur stratégie régionale pour la biodiversité.

II – La réforme des instances de gouvernance de la biodiversité

Cette réforme est prévue par le titre II de la loi qui distingue deux instances différentes : une instance sociétale de concertation, le Comité national de la biodiversité (CNB), et une instance d’expertise scientifique, le Conseil national de protection de la nature (CNPN), lequel rendra ses avis au ministre chargé de l’Environnement.

La loi prévoit la création du CNB qui aura vocation à se substituer à l’actuel Comité national « trames verte et bleue ».

Le CNB organisera des concertations régulières avec les autres instances de consultation et de réflexion dont les missions sont relatives à la biodiversité. Il donnera son avis sur les orientations stratégiques de l’AFB.

Il pourra être consulté par le Gouvernement sur tout sujet relatif à la biodiversité ou ayant un effet notable sur celle-ci. Un décret en Conseil d’État précisera le champ de la compétence consultative du CNB, les modalités de son fonctionnement ainsi que sa composition. La loi prévoit d’ores et déjà que cette dernière assurera « une représentation équilibrée des femmes et des hommes ».

À l’échelon régional, la loi transforme les comités régionaux « trames verte et bleue » en comités régionaux de la biodiversité.

Dans les départements d’outre-mer, les missions dévolues au comité régional de la biodiversité seront assurées par le comité de l’eau et de la biodiversité qui constitue « une instance d’information, d’échange et de consultation sur l’ensemble des sujets liés à la biodiversité (…) ».

Par ailleurs, le CNPN, actuellement d’essence réglementaire12, disposera d’une assise législative. Il sera chargé d’apporter, par ses avis, une expertise scientifique et technique. Il pourra être consulté sur les projets de loi, d’ordonnance et de décret concernant ses domaines de compétence. Le CNPN pourra également comme le CNB se saisir d’office.

La loi renvoie à un décret en Conseil d’État le soin de préciser le champ de compétences, les modalités de fonctionnement, la composition du CNPN, ainsi que les conditions dans lesquelles cette dernière « concourt à une représentation équilibrée des femmes et des hommes (…) ».

III – L’Agence française pour la biodiversité (AFB)

Le titre III de la loi cherche à mettre fin à la multiplicité des organismes qui interviennent dans le champ de la biodiversité13. Il vient créer l’Agence française pour la biodiversité sur le modèle de l’Agence de l’environnement et de la maîtrise de l’énergie (ADEME). Sa création avait été annoncée par le président Hollande, le 14 septembre 2012, dans un discours prononcé à l’occasion de l’ouverture de la première conférence environnementale.

Ce nouvel établissement public de l’État à caractère administratif regroupera plusieurs structures nationales : les Parcs nationaux de France, l’Atelier technique des espaces naturels, l’Agence des aires marines protégées et l’Office national de l’eau et des milieux aquatiques (ONEMA). Il s’appuiera sur les 1 200 agents et les moyens de ces quatre organismes publics.

La question du périmètre de l’AFB a fait l’objet de controverses. Pour l’ensemble des associations de protection de l’environnement, l’AFB sera une agence « unijambiste », une « ONEMA élargie », car elle n’intègre pas l’Office national de la chasse et de la faune sauvage (ONCFS), « le plus gros opérateur ayant de l’expertise sur les milieux terrestres »14.

On soulignera que l’AFB, dont l’astrophysicien Hubert Reeves a accepté d’être le parrain, pourra passer des conventions de partenariat avec d’autres structures existantes comme le Muséum national d’histoire naturelle, le Centre d’expertise sur les risques, l’environnement, la mobilité et l’aménagement, l’ONCFS ou l’Institut français de recherche pour l’exploitation de la mer.

L’AFB a vocation à répondre aux enjeux de protection et de valorisation de la biodiversité terrestre, aquatique et marine.

L’AFB, qui sera l’interlocuteur unique de tous les acteurs de la biodiversité, représentera les acteurs français de la biodiversité au sein des différentes instances internationales et européennes.

Elle permettra l’amélioration des connaissances sur la biodiversité. Elle participera et apportera son appui aux « actions de formation » et sera chargée de la communication, de l’information et de la sensibilisation de l’ensemble des publics. L’AFB apportera son appui technique et administratif aux différents acteurs intervenant dans le domaine de la protection de la biodiversité. L’agence soutiendra financièrement certaines initiatives, notamment « des projets en faveur de la biodiversité et de la gestion durable et équilibrée de la ressource en eau ». Elle contribuera à l’exercice de missions de police administrative et de police judiciaire relatives à l’eau et à l’environnement. La gestion ou l’appui à la gestion d’aires protégées, le suivi des mesures de compensation des atteintes à la biodiversité et la lutte contre la biopiraterie15 feront également partie des nombreuses missions de l’AFB.

Barbara Pompili, secrétaire d’État à la Biodiversité, a indiqué aux députés, le 21 juin 2016, qu’il reviendra « aux collectivités de s’emparer de cet outil, en fonction des entités en place et des sujets prioritaires (eau, milieu maritime, espèces menacées). L’outil est conçu pour être décliné à la carte, (…) en fonction des spécificités de chaque territoire ». L’AFB disposera d’antennes sur tout le territoire et « pourra monter des structures conjointes avec les régions (…) en associant les départements qui le souhaitent ».

L’AFB, qui sera le deuxième grand opérateur de l’État en matière d’environnement avec l’ADEME, sera dirigée par un conseil d’administration dont le président sera nommé par décret en conseil des ministres parmi les membres du conseil d’administration, sur proposition de ce conseil. L’AFB sera dotée d’un budget de fonctionnement de 226 millions d’euros et de 60 millions d’euros au titre du programme d’investissements d’avenir.

IV – De nouveaux outils de préservation de la biodiversité

La loi comprend une palette d’outils de nature à protéger la biodiversité.

Elle permet aux propriétaires de biens immobiliers de conclure un contrat avec un organisme public ou privé agissant pour la protection de l’environnement en vue de faire naître à leur charge, ainsi qu’à la charge des propriétaires successifs du bien, des obligations réelles ayant pour finalité « le maintien, la conservation, la gestion ou la restauration d’éléments de la biodiversité ou de fonctions écologiques » (art. 72). Cette mesure, qui avait déjà été envisagée par le passé16, apparaît comme l’une des grandes innovations de la loi. Des dispositifs analogues existent depuis longtemps dans les pays anglo-saxons.

La loi instaure aussi une nouvelle catégorie d’établissements publics, dénommés « établissements publics de coopération environnementale », qui auront notamment pour mission de mener des actions visant à préserver la biodiversité et à restaurer les milieux naturels (art. 56).

Elle permet à l’autorité administrative de définir un zonage spécifique afin de protéger l’habitat d’espèces protégées (art. 74). Le Sénat s’est d’ailleurs opposé à la création de cette catégorie des « zones prioritaires pour la biodiversité », jugée contraignante pour les agriculteurs.

La protection de la biodiversité marine est renforcée avec la création des « zones de conservation halieutique ». Ce nouvel outil de police administrative permettra d’interdire ou de réglementer les activités portant atteinte ou susceptibles de porter atteinte au bon état des zones fonctionnelles des ressources halieutiques (art. 98).

Par ailleurs, le texte prévoit l’interdiction des néonicotinoïdes à compter du 1er septembre 2018, tout en introduisant des dérogations possibles jusqu’en juillet 2020 (art. 125). L’interdiction de ces pesticides, qui ont des effets néfastes sur les pollinisateurs, a été l’un des principaux sujets de discorde entre les deux assemblées.

Enfin, les sanctions pénales applicables en cas d’atteinte aux espèces protégées sont renforcées (art. 129).

V – La mise en œuvre du protocole de Nagoya

Le titre V de la loi « biodiversité » vient transposer en droit français le protocole de Nagoya sur l’accès aux ressources génétiques et le partage juste et équitable des avantages découlant de leur utilisation, dit « accès et partage des avantages » (APA)17. Il vise à garantir un cadre juridique clair à la recherche et au développement sur les ressources génétiques et les connaissances traditionnelles associées à ces ressources, sur l’ensemble du territoire français.

Barbara Pompili a déclaré à l’Assemblée nationale le 16 mars 2016 que ce titre V constitue « une avancée majeure (pour) lutter contre la biopiraterie et (…) valoriser les connaissances traditionnelles des communautés d’habitants ». Il utilise la notion de « communautés d’habitants »18 et non celle de « communautés autochtones et locales », inscrite dans le protocole de Nagoya, qui allait à l’encontre des principes constitutionnels français.

Le dispositif d’APA retenu présente trois volets : les procédures à respecter au moment de l’accès à une ressource génétique ou à une connaissance traditionnelle associée en vue de son utilisation en recherche et développement ; le partage des avantages à mettre en place selon la nature de l’utilisation prévue (commerciale ou non commerciale) ; et la conformité qui impose aux utilisateurs d’être, à tout moment, en mesure de prouver qu’ils respectent le protocole de Nagoya.

Deux procédures sont prévues : la procédure déclarative lorsque l’utilisateur souhaite accéder aux ressources génétiques « en vue de leur utilisation à des fins de connaissance sur la biodiversité, de conservation en collection ou de valorisation sans objectif direct de développement commercial » et la procédure d’autorisation lorsqu’il y a commercialisation de ressources génétiques et de connaissances traditionnelles associées.

Dans chaque collectivité où est présente une communauté d’habitants, une personne morale de droit public, désignée par décret, sera « chargée d’organiser la consultation de la ou des communautés d’habitants détentrices de connaissances traditionnelles associées aux ressources génétiques » (art. 37).

En conclusion, il apparaît que même si le débat parlementaire a souvent fait apparaître deux conceptions opposés de la biodiversité, il aura aussi permis de nombreuses avancées en matière de droit de l’environnement. On doit notamment à l’initiative parlementaire la consécration législative du principe de non-régression environnementale ainsi que l’inscription du préjudice écologique dans le Code civil.